Ciencia, tecnología y propaganda en el noticiario oficial del Franquismo: El NO-DO, un instrumento de popularización de la ciencia al servicio del estado (1943-1964)
Felipe E. Ramírez Martínez
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (2011).

Mecanismos en el arte: Avatares inútiles de la tecnología
Mónica Benitez
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (2010).

Johann Heinrich Lamberts: Cosmologische Briefe. Eine wissenschaftsphilosophische Untersuchung
Roberta Menendez Fontela
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (2007).

Naturaleza: cohercion vs consenso: Análisis de teologías en la ecología contemporánea y su correlación con el discurso y/o participación de movimientos ecologistas y grupos armados ilegales en España, México y Colombia: ETA, EZLN y AUC
Luis Felipe Gómez Lomelí
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (2006).

Sueños eléctricos y magneticos en la Europa romántica: El debate sobre la naturaleza duranet las últimas décadas del siglo XVIII y las primeras del XIX
Dolores Martín Moruno
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez, Jean Dhombres. Universidad Autónoma de Madrid (2006).

Forma y función de un sujeto moderno: Bernandro Houssay y la fisiología argentina (1900-1943)
Alfonso Buch Cánovas
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (2001).

El evolucionismo en España y la síntesis neodarwinista (1939-1970)
Francisco Blázquez Paniagua
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (2001).

Boskovic y la visión mecánica de la naturaleza (1740-1785)
Mariano Colubi López
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (1995).

Las teorías materialistas de la Ilustración
Javier Moscoso
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (1994).

El nacimiento de la teoría de conjuntos en Alemania 1854-1908
José Ferreirós Domínguez
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (1991).

Observación y teoría en la astronomía griega
Eulalia Pérez Sedeño
Tesis doctoral dirigida por Javier Ordóñez Rodríguez. Universidad Autónoma de Madrid (1985).